I huset till Ivan Petrovich Shuisky, i närvaro av många prästmän och några pojkar, bestämmer de sig för att skiljas från Fyodor Ioannovich med Tsarina, Godunovas syster, tack vare vem Boris för alla berättelser hålls. De utgör ett papper, där de kommer ihåg drottningens barskhet och Demetrius barndom och ber kungen att ingå ett nytt äktenskap. Golovin antyder Shuisky om möjligheten att sätta Demetrius istället för Fedor, men får en sträng avstötning. Prinsessan Mstislavskaya bär gästerna runt, dricker Fedors hälsa. Shakhovsky, brudgummen till Mstislavskaya, matchmaker Volokhov kallar platsen för hemligt möte. Ivan Petrovich skickar en framställning till Metropolitan och beklagar behovet av att förstöra drottningen. Fedyuk Starkov, hans butler, rapporterar om vad Godunov har sett. Efter att ha fått från Uglich information om Golovins förhållande till Nagimi och sett ett hot mot hans makt meddelar han sina supportrar, Lup-Kleshnin och Prince Turenin, beslutet att förena sig med Shuisky. Fjodor anländer och klagar över en bukad häst. Tsarina Irina dyker upp, som Fedor mislyckligt rapporterar om skönheten Mstislavskaya, som han såg i kyrkan, och försäkrar omedelbart Tsarina att hon är vackrare för honom än alla andra. Godunov talar om en önskan att förena sig med Shuisky, och tsaren tar gärna upp saken.
Fedor tillkännager sin avsikt att förena Godunov med Shuisky och ber om hjälp från Metropolitan Dionysius och andra präster. Dionysius anklagar Godunov för att ha förtryckt kyrkan, mild mot kättarna och återupptagit skatten, från vilken kyrkan befriades. Godunov presenterar honom skyddsbrev och rapporter om förföljelsen av kätteri som har genomförts. Kungen ber om stöd från Irina och pojkarna. Tillsammans med populär entusiasm kommer Ivan Petrovich Shuisky. Fedor hygrar honom för att inte besöka duman, Shuisky är avskräckt av det omöjligt att godkänna Godunov. Fjodor, som kommer ihåg skrifterna och kallar präster för vittnen, talar om fördelarna med försoning, och Godunov, lydig mot honom, erbjuder Shuisky samtycke. Shuisky anklagar honom för att han inte ville dela med sig av statsförvaltningen, som John testamenterade till fem pojkar: Zakharyin (avliden), Mstislavsky (kraftfullt tonad), Belsky (förvisad), Godunov och Shuisky. Godunov, som motiverar sig själv, talar om Shuiskys arrogans, att han använde ensam makten till gagn för Ryssland, vilket också bevisas av; han tillägger att den svåra uppgiften att ordna ett frustrerat tillstånd bara var Shuysky. Och när Ivan Petrovich kallar sin storstadsstöd en supporter, rapporterar han om Godunovs handlingar till förmån för kyrkan och lutar Shuisky till fred. Irina, som visar sitt broderade skydd för Pskov-helgedomen, medger att detta är hennes bönlöfte för frälsning av Shuisky, en gång belägrat av litauarna i Pskov. En upphetsad Shuisky är redo att glömma den tidigare fienden, men kräver av Godunov säkerhetsgarantier till sina medarbetare. Godunov svär och kysser korset. De bjuder in de utvalda från folkmassan medförd av Shuisky. Fjodor talar med gubben och vet inte hur han ska stoppa honom, i sin brorson känner han igen köpmannen Krasilnikov, som underhållande honom nyligen med en björnkamp, påminner om sin bror Golub, som besegrade Shakhovsky i fisticuffs - Godunov och Shuisky lyckades inte omedelbart återlämna tsaren till vad valarna kallades för . Shuisky tillkännager en försoning med Godunov, köpmännen är oroliga ("Du försonar våra huvuden"), Shuisky är irriterad av sin misstro mot personen som just har svarat på korset. Köpmännen begär skydd från kungen Godunov, men han skickar dem till Boris. Boris beordrar tyst att skriva ner köpmännenas namn.
På natten i trädgården till Shuysky Princess Mstislavskaya och Vasilisa Volokhova väntar Shakhovsky. Han kommer, pratar om kärlek, om otåligheten som bröllopet väntar på, skrattar henne och skämtar med henne. Krasilnikov kommer springande, släpper in, Shakhovsky gömmer sig, kräver Ivan Petrovich och rapporterar att alla som var med tsaren fångades på order av Godunov. Chockad Shuisky beordrar Moskva att resa till Godunov. Hade en antydan om Dimitri Golovin, han avbröts abrupt och konstaterade att Boris hade lurat sig till bedrägeri, går han till tsaren. De återstående pojkarna diskuterar samtidigt framställningen och letar efter en ny drottning. Vasily Shuisky kallar prinsessan Mstislavskaya. Hennes bror bestämde sig inte omedelbart och ville åtminstone hitta en anledning till en gräl med Shakhovsky. Medan han tvekar skriver Golovin prinsessans namn i framställningen. Shakhovskaya dyker upp och förklarar att hon inte kommer att ge upp bruden. Prinsessan och Volokhova hittas också. Med ett generellt gråt, ömsesidiga hot och bebrejd, tar Shakhovskaya ett brev och springer bort. Godunov presenterar för tsar-statsdokumenten, vars innehåll han inte går in på, men håller med Boris beslut. Tsarina Irina talar om ett brev från Uglich från Dowager-drottningen med en begäran om att återvända med Dimitri till Moskva. Fjodor anförde saken till Boris, men Irina krävde lösningen av "familjeaffären" av honom; Fedor argumenterar med Boris och är irriterad av sin uthållighet. Shuisky kommer och klagar över Godunov. Han låser inte upp och förklarar att köpmännen inte var tagna förr, utan för att försöka uppröra världen mellan honom och Shuisky. Tsaren är redo att förlåta Godunov och tror att de helt enkelt inte förstod varandra, men det obevekliga kravet att lämna prinsen i Uglich är äntligen arg på tsaren. Godunov säger att han vänder sig åt Shuisky, Fedor ber honom att stanna, Shuisky, sårad av tsarens beteende, lämnar. Kleshnin tar med sig Golovin Nagims brev skickat från Uglich, Godunov visar det till tsaren och kräver att Shuisky tas i förvar och eventuellt avrättas. Vid misslyckande hotar han att lämna. Chockad Fedor efter lång tvekan vägrar Godunovs tjänster.
Ivan Petrovich Shuisky tröstar prinsessan Mstislavskaya: han kommer inte att låta henne gifta sig med tsaren och hoppas att Shakhovskaya inte kommer att informera dem. Han skickar till prinsessan och accepterar pojkarna och flyktingarna Krasilnikov och Dove, och, förutsatt att den fattiga Fedor har avlägsnats och Demetrius förtryck, definierar allas uppgifter. Den främmande Godunov, som sitter hemma, frågar Kleshnin om Volokhova och upprepar många gånger, "så att hon skulle hora prinsen". Kleshnin skickar Volokhov till UGLICH en ny mamma, beordrar honom att skyddas och antyder att om prinsen som lider av en rumpa kommer att döda sig själv, kommer de inte att fråga henne. Samtidigt kan Fedor inte räkna ut de handlingar som presenterades för honom. Kleshnin anländer och rapporterar att Boris blev sjuk av frustration och Shuisky måste omedelbart fängslas för att han ville höja Demetrius till tronen. Fedor tror inte. Shuisky går in, till vilken Fedor talar om en uppsägning och ber honom rättfärdiga sig. Prinsen vägrar, kungen insisterar, Kleshnin skjuter. Shuisky bekänner sig för uppror. Fjodor, rädd för att Godunov skulle straffa Shuisky för förräderi, förklarar att han själv beordrade att sätta prinsen på tronen och tvingar ut den chockade Shuisky från rummet. Shakhovskaya springer ut i de kungliga kamrarna och ber att få bruden tillbaka till honom. Fedor, efter att ha sett signaturen från Ivan Petrovich Shuisky, gråter och lyssnar inte på Irinas argument om pappers absurditet. För att skydda Irina från förolämpningar undertecknar han Borisovs ordning och skrämmer både henne och Shakhovsky. På bron över floden upploar den gamle mannen folket för Shuisky, hussaren sjunger om hans djärvhet. En budbärare rider med nyheterna om tatarna. Prins Turenin med bågskyttar leder Shuisky till fängelse. Folket som drivs av den gamle mannen vill befria Shuisky, men han talar om sin skuld inför den "heliga" kungen och att de förtjänar straff.
Kleshnin rapporterar till Godunov att Shuiskys och deras anhängare är fängslade och introducerar Vasily Ivanovich Shuisky. Han vänder saken som om han hade inlett en begäran om godunovs bästa. Genom att förstå att Shuisky är i hans händer släpper Godunov honom. Tsarina Irina kommer för att gå för Ivan Petrovich. Godunov, inser att Shuisky inte kommer att sluta diskutera med honom, är fast. På torget framför katedralen talar tiggare om en förändring i storstadsområdet som är ointressant för Godunov, om avrättningen av köpmän som stod bakom Shuisky. Tsarina Irina leder Mstislavskaya för att be om Shuisky. Fedor kommer ut ur katedralen, efter att ha serverat ett krav för tsaren Ivan. Prinsessan rusar vid hans fötter. Fedor skickar Prince Turenin för Shuisky. Men Turenin rapporterar att Shuisky kvävde sig på natten, skyller på sig för att ha förbiser (för att han slog av folkmassan som fördes till fängelset av Shakhovsky och slog av endast genom att skjuta Shakhovsky). Fedor rusar mot Turenin och anklagar honom för att ha dödat Shuisky och hotar honom med avrättning. Budbäraren tar med sig ett brev från Uglich om prinsens död. Den chockade kungen vill själv ta reda på sanningen. Det kommer ett meddelande om Khan-strategin och en tidig belägring av Moskva. Godunov erbjuder att skicka Kleshnin och Vasily Shuisky, och Fedor är säker på Godunovs oskuld. Prinsessan Mstislavskaya säger att hon tänker få håret klippt. Fjodor, på råd av sin fru, kommer att överföra hela regeringens börda till Boris och, ihåg sin avsikt att "komma överens om allt, jämna ut allt", sörjer hans öde och hans kungliga plikt.