Åtgärden äger rum i Moskva 1584 och börjar en gräl i Boyarsky Duma: Mikhail Nagoy, bror till Tsarina Maria Fedorovna, argumenterar för en plats med Saltykov och drar återstående boyars till swara. Zakharyin-Yuriev, bror till den första tsarens hustru, bryter av tvister och berättar om vikten av att samla in sitt fall: John, plågad av ånger efter mordet på sin son, bestämde sig för att få monastisk rang och instruerade duman att välja en efterträdare. Under tiden "fiender kämpar Ryssland från alla sidor", i det är pestilens och hungersnöd. Prins Mstislavsky talar om kungens seghet i sitt beslut. Nagoya erbjuder den unga Dmitry Tsarevich med drottningen och, om nödvändigt, "härskaren", som han är redo att bli; Sitsky - Zakharyin, som inte har färgat sig själv med någonting. Zakharyin talar för Ivan Petrovich Shuisky, som nu sitter i den beleirade Pskov.

Kungen behövs dock omedelbart. Zakharyin ber Godunov om råd, som inte fixade på platser och som blygsamt satte sig nedanför. Han beskrev i detalj statens oundvikliga ställning, talar om omöjligheten att byta kungen vid en sådan tidpunkt och uppmanar pojkarna att be John att stanna kvar på tronen. Sitsky, som kommer ihåg tsarens grymheter, försöker förgäves att stoppa pojkarna. De går till tsaren och bestämmer på vägen vem som ska prata och blyg suverän ilska. Godunov tar risken. John, redan klädd i en svart kassock, efter att ha tagit bort hatten på Monomakh, väntar i sängkammaren för beslutet om pojkarna och beklagas av minnet av den sista skurk. En budbärare anländer från Pskov, som tsaren till en början hänvisar till ”den nya herren”, men då han hör att nyheterna är glädjande hör han en berättelse om återspeglingen av överfallen och Baturs reträtt från Pskov. Han får ett brev från Kurbsky, där han bebrejder tsaren med ett besvärligt stavelse, hotar med snabbt fångande av Pskov, många av Johns grymheter kallar orsaken till hans nuvarande nederlag och påminner giftigt om hans borttagande från verksamheten. John är rasande, för efter att han förstört alla Kurbskijs släktingar är han maktlös att ta sin klagin på någon. Guttarna kommer, som kungen möter i stor irritation. Efter att ha lyssnat på ett kort anförande av Godunov tar han på sig Monomakhovs hatt och förklagar pojkarna som tvingade honom att göra det och kysser Godunov, som höll djärva och oförskämda tal "till statens bästa". Frånvaron av Sitskij går inte obemärkt, och tsaren, som inte vill lyssna på intercessorerna, beordrar avrättningen.

I de kungliga kamrarna i Goduns väntar Zakharyin på John, och Godunov säger att kungen, som vill skilja sig från drottningen, vaknar efter den engelska drottningens systerdotter. Den upprörda Zakharyin frågar hur Godunov försökte avskräcka John och får svaret att han bara kan påverka John på ett rondellväg. John kommer in och rapporterar om upploppet i de polska trupperna nära Pskov och om förväntningarna på en ambassadör från Warszawa, som skickas, enligt hans åsikt, för att be om fred. Han beordrar Zakharyin att informera folket om detta meddelande. Han berättar för Godunov att diskutera med den engelska ambassadören villkoren för det kommande äktenskapet. Han försöker gå för drottningen och får en arg bestraffning full av hot. Lämnad ensam förklagar sig Gudunov för den visade vänligheten och avvisar att föredra samvete framför orsaken. I huset till Vasily Ivanovich Shuisky, pojkarna Mstislavsky, Belsky och Nagoy-bröderna konspirerar för att förstöra Godunov. De bestämmer sig för att dra fördel av folkets irritation och skylla alla problem på Godunov, och Shuisky erbjuder Mikhail Bityagovsky att uppfylla planen. Han åtar sig att göra uppror för folket och uppmana honom att döda. Belsky föreslår att skicka Prokofy Kikin för samma sak. Godunov kommer. Gästerna sprider sig hastigt. Godunov klagar till Shuisky att han inte är älskad i duman, Shuisky försäkrar honom om sin disposition och stöd och lämnar, plötsligt kallas upp av tsaren. Godunov, kvar ensam med Bityagovsky, upptäcker hans perfekta bekanta med sina avsikter och, hotar honom med enastående avrättningar, skickar honom till samma torg för att övertyga folket mot Shuisky och Belsky, som vill "förgifta kungen med gift".

Samtidigt beordrar tsarina inte tsarevichens mor att låta någon annan komma till honom, och särskilt Godunov, hon litar bara på Nikita Romanovich Zakharyin. Zakharyin kommer. Drottningen berättar för honom om rykten i palatset och frågar om hennes misstankar inte är sant att kungen vill lämna henne med Demetrius. Zakharyin ber henne att vara redo för allt, tsaren att inte argumentera och lita på Godunov. John kommer med Godunov och väntar på att drottningen ska klä upp sig, lyssnar på villkoren för den engelska ambassadören och frågar om den polska som anlände efter Garaburd, undrar vad som landar Polen lovar för fred och inte vill lyssna på rädsla för syftet med denna ambassad. Drottningen som har gått in tillkännager den förestående skilsmässan. Försäkrade, Dimitri lovar UGLICHs arv och, efter att ha hört Zakharyins förbön, hotar han honom med henrättelse. I tronrummet tar John emot den polska ambassadören i Garaburda. Baturs krav är så förödmjukande (att föra Smolensk, Polotsk, Novgorod och Pskov ut från det liviska regimentet och ge Polen till Polen) att tsaren faller i raseri efter att ha hört den polska kungens inbjudan till kampsport och kommer att jaga sin ambassadör med hundar och kastar honom yxa. Garaburda konstaterar att John inte känner till nyheterna om krossningen av de ryska regimenten på gränsen, om att svenskarna tog Narova och deras gemensamma kampanj med Batur i Novgorod, och efter att ha lovat John ett möte med kungen i Moskva, lämnar. Godunov, som sprang in, bekräftar alla meddelanden från Garaburda, men tsaren beordrar att hänga falska budbärare och att tjäna segrande böner i alla kyrkor.

På torget i Zamoskvorechye är publiken orolig framför förrådshuset, förargad över priset för bröd, fogarna tar mutor och det faktum att kungen inte avrättar gärningsmännen. Kikin framträder, klädd som en främling, skyller på Godunov och hänvisar till Guds tecken, "en blodig, svansad stjärna." Han säger att han såg ett mirakel i Kiev: Sophia-korset i eld och rösten som kräver att Godunov ska stiga. Röster för att försvara Godunov hörs, röster som kräver att slå försvararna, och slutligen, rösten till Bityagovsky, som är vidöppen i kaftan med en borttagen låt på hans läppar. Han säger att Shuisky och Belsky skulle förgifta kungen, men Godunov kastade den förgiftade kakan till hunden. När Bityagovsky är förvirrad över en vandrare som har sett ett mirakel, ringer han honom med namn och säger att han skickades med avsikt. Grigory Godunov dyker upp och meddelar att Boris Godunov köper upp alla varor från sin egen skattkammare och kommer att distribuera dem icke-kontanter i morgon. Folket rusar till Kikin. I de kungliga kamrarna tittar drottningen, Godunovs syster, Irina och hans fru, Maria, på kometen. Kungen tittar på henne från verandan. De kloka männen och trollkarlarna fördes för att avslöja vad kometen var för. John dyker upp och förklarar att han förstod tecknet: kometen tillkännager sin död. Han ber om förlåtelse från drottningen och önskar veta exakt tid för döden, för att inte dö utan omvändelse, uppmanar magierna. De kallar Kirillin dag. På begäran av tsaren Godunov läser han synodiken, där hans offer listas, kompletterar John listan. En butler anländer från Sloboda med ett meddelande om att en vinterdag slog palatset ned av ett blixtnedslag. Skakad ber John alla om förlåtelse, ber passionerat och frågar Fedor hur han ska styra, men Fedor ber att sätta någon annan i kungariket. De tar med sig två bokstäver: när Khan närmar sig Moskva och upproret runt Kazan. De tar med sig en schemnik som har levt i avskildhet i trettio år. John, som lämnats ensam med honom, talar om de olyckor som hände i Ryssland och söker råd. Schemat kallar många människor som kan motstå fienden - alla förstörs av kungen. Han talar om en prins, men prinsen är död. Efter att ha ledt schemaren, tvingar John tågarna till Mstislavsky, Belsky, Zakharyin och Godunov att kyssa korset genom att de kommer att tjäna Fedor, och den femte utser Ivan Petrovich Shuisky, om han överlever nära Pskov. Han skickar ambassadörer till Litauen för att sluta fred med Batur under de mest förödmjukande förhållandena, och tror att Batur efter hans död kommer att kräva ännu mer, och önskar med sin ohörda förnedring att försona synder.

I Cyril är kungens dag bättre. Godunov ringer hemligt i häxorna, och de säger att dagen ännu inte är över. Godunov förutsägs av kejsartronen, de tre stjärnorna som skiljer honom från stjärnans storhet och hans främsta mystiska motståndare firas ("svag, men mäktig - oskyldig, men skyldig - inte sig själv", "dödad, men levande"). Dr. Jacobi anländer, svarar Godunov, att tsaren måste skyddas från irritation, och för detta kallas Belsky bufféerna. Godunov accepterar Bityagovsky och upptäcker att folket är förvirrade mot Shuisky och Belsky. Samtidigt undersöker John skatterna och letar efter gåvor till den engelska drottningen och bruden, en jester snurrar nära kungen, buffonger i de närliggande kamrarna väntar på ett tecken. Nästa dag utnämner tsaren avrättningen av Magi och skickar Boris för att meddela dem. Han är triumferande, men misstänksam och benägen att irritera; Efter att ha satt och spelat schack med Belsky, släpper kungen. Godunov återvänder och, efter att ha lett kungen till vanvidd med meningsfull tystnad, meddelar Magi-svaret att deras vetenskap är tillförlitlig och att Kirillin ännu inte har passerat dagen. I ilska kallar John Godunov förrädare, anklagar honom för ett försök på sitt liv, kallar böterna och faller. Allmän förvirring. Kungen kallar bekännaren, boyars - läkare, felaktigt kör buffonger. John dör. Folket på torget skriker att kungen trakasserades av Shuisky och Belsky, och den förvirrade Fedoren anför förklaringar till Godunov. Godunov skickar pojkarna i exil, Mstislavsky, som, tillsammans med Nagy, Bityagovsky anklagar för oro, till klostret, Nagih - till UGLICH tillsammans med Tsaritsa och Demetrius. Fedor, gråtande, kramar Godunov. Folket på torget berömmer båda.