Mars 1865. I Förenta staterna, under inbördeskriget, flyr fem våghalsnordnare en ballong från sydländerna i Richmond. En fruktansvärd storm kastar fyra av dem på stranden av en obebodd ö på södra halvklotet. Den femte mannen och hans hund gömmer sig i havet utanför kusten. Den här femte - en viss Cyres Smith, en begåvad ingenjör och forskare, själ och ledare för en fristående resenär - håller medvetet sina kamrater i spänning i flera dagar, som ingenstans kan hitta varken honom eller hunden som ägnas åt honom. Mest av allt lider den före detta slaven, och nu är Smiths lojala tjänare den svarta Neg. I ballongen var också en krigsjournalist och Smiths vän, Gideon Spilet, en mycket energisk och avgörande man med ett snyggt sinne; sjömannen Pencrof, en godmodig och äventyrlig våghals; Femtonåriga Harbert Brown, sonen till kaptenen på det skepp som Pencroff seglade på, förblev en föräldralös och som sjömannen behandlar som sin egen son. Efter en tröttsam sökning hittar Nab äntligen sin oförklarligt räddade värd, en mil från kusten. Var och en av de nya bosättarna på ön har oföränderliga talanger, och under ledning av Cyres och Spilet samlar dessa modiga människor och blir ett enat lag. Först, genom att använda de enklaste sätten att tillgå, sedan producera mer och mer komplexa föremål av arbetskraft och hushållsgods i sina egna små fabriker, utrustar nybyggarna sina liv. De jakter, samlar ätliga växter, ostron och sedan avlar även husdjur och bedriver jordbruk. De ordnar bostäder för sig högt i berget, i en grotta befriad från vatten. Snart, tack vare deras hårda arbete och intelligens, vet kolonisterna inte längre behovet av mat, kläder, värme och komfort. De har allt utom nyheter om sitt hemland, ödet som de är mycket oroliga för.
En gång när de återvände till sin bostad, kallad av dem Granitpalatset, ser de att apor slår sig inuti. Efter en tid, som under påverkan av galen rädsla, börjar aporna att hoppa ut ur fönstren, och någons hand kastar repstegen som aporna höjde in i huset. Inuti hittar människor en annan apa - en orangutang, som de håller och kallar farbror Jupe. I framtiden blir Jupe en vän, tjänare och oundgänglig hjälpare för människor.
På en annan dag finner nybyggarna i sanden en låda med verktyg, skjutvapen, olika apparater, kläder, köksredskap och böcker på engelska. Nybyggare undrar var denna låda kan komma ifrån. Från kartan, som också visas i en låda, upptäcker de att bredvid ön, på kartan som inte är markerad, är ön Tabor. Sjömannen Pencrof är angelägen om att gå till honom. Med hjälp av sina vänner bygger han en bot. När botten är redo går de tillsammans på en testresa runt ön. Under den hittar de en flaska med en anteckning som säger att den skeppsbrutna mannen väntar på frälsning på ön Tabor. Denna händelse stärker Pencroffs förtroende för att besöka en närliggande ö. Pencrof, journalisten Gideon Spilet och Harbert seglade. När de anländer till Tabor upptäcker de en liten hytt där ingen av alla indikationer har bott länge. De sprider sig runt ön och hoppas inte se en levande person och försöker åtminstone hitta hans rester. Plötsligt hör de Harbert skrika och rusa till hans hjälp. De ser Harbert kämpa med någon slags apa-odlad varelse. Men apan visar sig vara en vild människa. Resenärer binder honom och transporterar honom till deras ö. De ger honom ett separat rum i Granitpalatset. Tack vare deras uppmärksamhet och bekymmer förvandlas vilkarna snart till en civiliserad man och berättar för dem sin historia. Det visar sig att hans namn är Ayrton, han är en före detta brottsling, han ville ta besittning av Duncan-segelfartyget och med hjälp av samma samhällsskäl blev han till ett piratskepp. Men hans planer var inte avsedda att gå i uppfyllelse, och som straff för tolv år sedan lämnades han kvar på den obebodda ön Tabor, så att han skulle förverkliga sin handling och försoning för sin synd. Men ägaren till "Duncan" Eduard Glenarvan sa att han en dag skulle återvända till Ayrton. Nybyggarna ser att Ayrton uppriktigt omvänder sig från sina tidigare synder, och han försöker vara användbar för dem på alla sätt. Därför är de inte benägna att döma honom för tidigare missuppförande och gärna acceptera honom i deras samhälle. Ayrton behöver emellertid tid, och därför ber han om en möjlighet att leva i koraller som nybyggarna byggde för sina husdjur på lite avstånd från Granitpalatset.
När botten återvände till stormen från ön Tabor på natten räddades den av en bål, som, som de trodde, flyter på den, tändes av sina vänner. Det visar sig dock att de inte var inblandade i detta. Det visar sig också att Ayrton inte kastade en flaska sedel i havet. Nybyggare kan inte förklara dessa mystiska händelser. De tenderar alltmer att tänka att förutom dem på ön Lincoln, när de döpt honom, finns det någon annan, deras mystiska välgörare, som ofta hjälper till i de svåraste situationerna. De går till och med på en sökekspedition i hopp om att hitta hans bostad. Sökningen slutar dock inte.
Nästa sommar (för sedan Ayrton dök upp på deras ö, och innan han berättade för sin historia har det redan gått fem månader och sommaren är över, och det är farligt att segla under den kalla säsongen), bestämmer de sig för att komma tillbaka till Taboröarna lämnar en lapp i stugan. I anteckningen avser de att varna kapten Glenarvan om han återvänder att Ayrton och de fem andra kraschofferna väntar på hjälp på en närliggande ö.
Nybyggare har bott på sin ö i tre år. Deras liv, deras ekonomi nådde välstånd. De skördar redan rika grödor av vete som odlats från ett enda korn, som hittades i Harberts ficka för tre år sedan, byggde en kvarn, uppfödde fjäderfä, fullständigt utrustade sin bostad, gjorde nya varma kläder och filtar för sig själva av mouflonull. Men deras fredliga liv överskuggas av en incident som hotar dem med döden. En gång när de tittar på havet ser de ett välutrustat fartyg i fjärran, men en svart flagga flyger över fartyget. Fartyget ankar utanför kusten. Den visar vackra pistoler med lång räckvidd. Ayrton smyger in i fartyget under täckning av natten för att utföra åkundersökning. Det visar sig att det finns femtio pirater på fartyget. På mirakulöst sätt glider det bort från dem, återvänder Ayrton till stranden och berättar för sina vänner att de måste förbereda sig för striden. Nästa morgon stiger två båtar från fartyget. På den första skjuter nybyggarna tre av dem, och hon återvänder, den andra landar på stranden och de sex återstående piraterna gömmer sig i skogen. Kanonerna är brända från fartyget, och det kommer ännu närmare stranden. Det verkar som att ingenting har makt att rädda en handfull nybyggare. Plötsligt växer en enorm våg under skeppet, och den sjunker. Alla pirater på den dör. Som det visar sig senare, sprängdes fartyget av en gruva, och denna händelse övertygar slutligen invånarna på ön att de inte är ensamma här.
Till en början kommer de inte att utrota piraterna, utan vill ge dem möjlighet att leva ett fredligt liv. Men det visar sig att rånarna inte kan detta. De börjar råna och bränna nybyggarnas hushåll. Ayrton går till korallen för att besöka djuren. Pirater griper honom och tar honom till en grotta, där de vill tortyra honom för att gå med på att gå till deras sida med tortyr. Ayrton ger inte upp. Hans vänner hjälper till, men skadas allvarligt i Harberts korall, och hans vänner förblir i honom och kan inte gå tillbaka med den unga mannen som dör. Efter några dagar åker de fortfarande till Granitpalatset. Som ett resultat av övergången börjar Harbert en malign feber, han är i döden. Återigen griper providence in i deras liv och handen av deras goda mystiska vän kastar dem nödvändig medicin. Harbert återhämtar sig helt. Nybyggarna har för avsikt att leverera det sista slaget till piraterna. De går till korallen, där de tänker hitta dem, men de hittar Ayrton, som är utmattad och knappt levande, och i närheten, rånarnas lik. Ayrton rapporterar att han inte vet hur han hamnade i korallen, som förde honom från grottan och dödade piraterna. Men han rapporterar en sorglig nyhet. För en vecka sedan gick banditerna till havs, men, utan att veta hur de skulle kontrollera botten, bröt den på kustrev. Resan till Tabor måste skjutas upp tills byggandet av ett nytt fordon. Under de kommande sju månaderna känner sig inte den mystiska främlingen. Under tiden vaknar en vulkan på ön, som kolonisterna trodde redan var död. De bygger ett nytt stort fartyg, som vid behov skulle kunna leverera dem till bebodda mark.
En kväll, redan redo att lägga sig, hör invånarna i Granitpalatset en klocka. Telegrafen som de tillbringade från korallen till sitt hem fungerar. De kallas snabbt in i korallen. Där hittar de en anteckning som ber dem gå längs den extra kabeln. Kabeln leder dem till en enorm grotta där de till deras förvåning ser en ubåt. I den blir de bekant med sin mästare och hans beskyddare, kapten Nemo, den indiska prinsen Dakkar, som har kämpat för sitt hemlands självständighet hela sitt liv. Han, redan en sextio år gammal man som begravde alla sina medarbetare, är nära döden. Nemo ger nya vänner en kista med juveler och varnar för att när vulkanen bryter ut kommer ön (sådan är dess struktur) att explodera. Han dör, nybyggarna vänder upp luckorna på båten och sänker den under vattnet, och de bygger det nya skeppet outtröttligt hela dagen. Men de har inte tid att avsluta det. Allt liv förgås under explosionen på ön, från vilken endast ett litet rev i havet återstår. Nybyggare, som tillbringade natten i ett tält på stranden, kastas i havet av luftvågor. Alla av dem, med undantag av Jupe, förblir vid liv. I mer än tio dagar har de sittat på revet och nästan dött av hunger och inte längre hoppats på någonting. Plötsligt ser de ett skepp. Det här är Duncan. Han räddar alla. Som det senare visar sig, flydde kapten Nemo, medan botten fortfarande var intakt, på den till Tabor och lämnade en anteckning till räddarna.
Återvända till Amerika för de smycken som donerats av kapten Nemo, köper vänner en stor bit mark och lever på det på samma sätt som de bodde på Lincoln Island.
