Den lyriska romanen - författarens största verk - är skriven i pistolform. Huvudpersons namn - Hyperion - hänvisar till bilden av titanen, fadern till solguden Helios, vars mytologiska namn betyder högsittande. Det verkar som att handlingen av romanen, som är en slags "spirituell odyssey" av hjälten, äger rum utanför tiden, även om arenan för händelserna är Grekland under andra hälften av 1700-talet, som ligger under det turkiska oket (detta indikeras av referenser till upproret i havet och slaget vid Chesme i 1770).
Efter de prövningar som föll till hans parti, lämnade Hyperion sitt deltagande i kampen för Greklands självständighet, han tappade hoppet om den överhängande befrielsen av sitt hemland, han erkände sin maktlöshet i det moderna livet. Från och med nu valde han vägen för avskildhet för sig själv. Efter att ha möjlighet att återvända till Grekland återgår Hyperion till Isthmus i Korint, där han skriver brev till sin vän Bellarmin, som bor i Tyskland.
Det verkar som om Hyperion uppnådde den önskade men kontemplativa hermitage inte heller ger tillfredsställelse, naturen öppnar inte längre sina armar för honom, han, alltid ivrig efter att slå sig samman med henne, känner sig plötsligt som en främling, förstår henne inte. Det verkar som om han inte är avsedd att hitta harmoni varken inom sig själv eller utanför.
Som svar på Bellarmins förfrågningar skriver Hyperion till honom om sin barndom tillbringade på ön Tinos, den tidens drömmar och hopp. Han avslöjar den inre världen av en rikt begåvad tonåring, ovanligt känslig för skönhet och poesi.
Ett stort inflytande på bildandet av den unga mans åsikter utövas av hans lärare Adamas. Hyperion lever under dagar av bitter nedgång och nationellt slaveri i sitt land. Adamas skänker eleven en känsla av beundran för den forntida eran, besöker de magnifika ruinerna av tidigare ära med honom, berättar om de stora förfädernas djärvhet och visdom. Hyperion upplever en svår uppdelning med sin älskade mentor.
Full av andlig styrka och höga impulser lämnar Hyperion till Smyrna för att studera militära frågor och navigering. Han är upplyft, längtar efter skönhet och rättvisa, han stöter ständigt på mänsklig dubbla ansikte och blir desperat. En verklig framgång är ett möte med Alabanda, där han hittar en nära vän. Unga män njuter av ungdomar, hoppas på framtiden, de förenas av den höga tanken att befria sitt hemland, eftersom de bor i ett skällde land och inte kan förena sig med detta. Deras åsikter och intressen är till stor del nära, de tänker inte vara som slavar som vanligtvis hänger sig åt en söt smäll, de överväldigas av en törst efter att agera. Det är här skillnaden avslöjas. Alabanda - en man med praktisk handling och heroiska impulser - bedriver ständigt tanken på behovet av att "spränga ruttna stubbar." Hyperion insisterar emellertid på att det är nödvändigt att utbilda människor under tecknet "skönhetens teokrati". Alabanda kallar sådana resonemang tomma fantasier, vänner grälar och del.
Hyperion upplever en annan kris, han återvänder hem, men världen runt är blekt, han åker till Calavria, där kommunikationen med skönheten i Medelhavets natur åter väcker honom till liv.
Notar vän tar honom till samma hus, där han möter sin kärlek. Diomite verkar honom gudomlig och vacker, han ser i henne en ovanligt harmonisk natur. Kärlek förenar sina själar. Flickan är övertygad om den höga uppmaningen som hennes utvalda - att vara "folkets utbildare" och leda patrioternas kamp. Ändå är Diomita emot våld, även för att skapa en fri stat. Och Hyperion åtnjuter lyckan som har kommit till honom, fått sinnesfrid, men han förutser idagens tragiska frigöring.
Han får ett brev från Alabanda med ett meddelande om det kommande talet från de grekiska patrioterna. Efter att ha sagt farväl till sin älskare skyndar Hyperion sig att gå med i kämparnas led för befrielsen av Grekland. Han är full av hopp om seger, men förlorar. Anledningen är inte bara impotens framför turkarnas militära makt, utan också i motsägelse med andra, kollisionen mellan ideal med vardagens verklighet: Hyperion känner omöjligt att plantera paradis med hjälp av ett band av rånare - soldater från befrielsearmen utför rån och massaker, och ingenting kan fasthållas.
Efter att ha bestämt att han inte har något mer gemensamt med sina landsmän går Hyperion in i tjänsten i den ryska flottan. Från och med nu väntar utflyktets öde honom, till och med hans egen far förbannade honom. Frustrerad, moraliskt drabbad söker han döden i Chesme Sea-striden, men förblir vid liv.
Efter att han avgått avser han att äntligen lugnt läka med Diomita någonstans i Alperna eller Pyrenéerna, men får nyheter om hennes död och förblir tröstlöst.
Efter många vandringar hamnar Hyperion i Tyskland, där han bor ganska länge. Men reaktionen och bakåtströmmen som råder där verkar honom kväva, i ett brev till en vän som han sarkastiskt talar om falskheten i en döende social ordning, tyskarnas brist på medborgerliga känslor, lust av begär, försoning med verkligheten.
En gång förutspådde läraren Adamas för Hyperion att sådana naturer som honom är dömda till ensamhet, vandring, till evig missnöje med sig själva.
Och Grekland är besegrad. Diomita är död. Hyperion bor i en koja på Salamis ö, sorterar igenom minnen från det förflutna, sörjer för förluster, idealernas oförmåga, försöker övervinna interna oenighet, uppleva en bitter känsla av melankoli. Det verkar för honom att han återbetalade den svarta oskyldigheten hos sin moder jord och försummade sitt liv och alla gåvor av kärlek som hon slösat bort. Hans öde är kontemplation och filosofisering, som tidigare förblir han trogen mot den panteistiska idén om förhållandet mellan människa och natur.